Stepinac nije bio takav simpatizer ustaštva kakvi su bili drugi u hrvatskoj Crkvi, ni nacizma, čije je rasističke teorije otprije smatrao protivnima vjeri, ali je do kraja bio zagovornik NDH, koju je vidio kao djelo Božje ruke i okvir za očuvanje katoličanstva, a ne kao suštinski zločinačku tvorevinu kakva je zapravo bila
Događaji su ovo, koji su naš narod donijeli u susret davno sanjanom i željkovanom idealu. Časovi su ovo, u kojima ne govori više jezik, nego krv svojom tajanstvenom povezanošću sa zemljom u kojoj smo ugledali svjetlo Božje i s narodom iz kojega smo nikli. Je li potrebno isticati da je i u našim grudima življe zakucalo srce? Nitko pametan toga osuditi ne može i nitko pošten toga zamjeriti ne može… I tko nam može zamjeriti, ako i mi kao duhovni pastiri dajemo svoj prinos narodnom veselju i zanosu, kad se puni dubokog ganuća i tople zahvalnosti obraćamo Božjem Veličanstvu? Jer, kolikogod i bilo zamršeno pletivo današnjih sudbonosnih događaja; kolikogod bili heterogeni faktori, koji utječu na tok zbivanja, ipak je lako razabrati ruku Božju na djelu.’
Riječi su to oduševljenja kojima se 28. travnja 1941. zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac, današnji kandidat za katoličkog sveca, okružnicom obratio svojem svećenstvu, pozivajući ga da potiče vjernike na molitvu ‘da Poglavnika Države Hrvatske napuni duhom mudrosti, kako bi uzvišenu i toliko odgovornu službu vršio Bogu na čast i narodu na spas u pravdi i istini’. Stepinac je već 12. travnja, dva dana nakon što je ovaj proglasio uspostavu NDH, posjetio Slavka Kvaternika kako bi mu na tome čestitao, a 16. travnja, dan nakon njegovog dolaska u Zagreb, i Antu Pavelića. ‘Ako taj čovjek bude upravljao Hrvatskom deset godina, kako mi je propovijedao, Hrvatska će biti raj’, kazao je nakon susreta. Od nove je vlasti očekivao velike probitke za Katoličku crkvu, što je istakao i u okružnici svećenstvu: ‘Poznavajući muževe koji danas upravljaju sudbinom hrvatskog naroda, mi smo duboko uvjereni da će naš rad naići na puno razumijevanje i pomoć. Mi vjerujemo i očekujemo da će Crkva u uskrsloj Državi Hrvatskoj moći u punoj slobodi naviještati neoborive principe vječne Istine i Pravde.’ Naglasio je da će Crkva novoj vlasti biti korektiv, odnosno da će smatrati svojom dužnošću ‘u zgodno vrijeme i u nevrijeme pokarati, zaprijetiti, umoliti učeći sa svojom strpljivošću i sa svom apostolskom slobodom’, pa okružnicu završio nalogom da se u nedjelju, 4. svibnja održi svečani Te Deum po svim župnim crkvama.
Koliko god je znao isticati da Crkva ni pred kim ne osjeća strah, sam zločinački režim NDH nikada nije prozvao i osudio
Već prvog dana postojanja NDH Kvaternik je isključio Srbe, Židove i Rome iz oružanih snaga. Dan nakon susreta s nadbiskupom Pavelić je donio svoj prvi dekret, Zakonsku odredbu za obranu naroda i države, kojom je uveo široki progon neprijatelja režima na prijekim sudovima. Sutradan je objavio Zakonsku odredbu o sačinjavanju hrvatske narodne imovine, kojom su poništeni pravni poslovi Židova, a 25. travnja Zakonsku odredbu o zabrani ćirilice. To je bilo prije Stepinčeve oduševljene okružnice, razglašene u medijima i u ‘Katoličkom listu’, glasilu Nadbiskupije, a 30. travnja donesena su i tri rasna zakona, o državljanstvu, o rasnoj pripadnosti i o zaštiti arijske krvi i časti hrvatskog naroda. Pratile su ih odredbe o prelasku s jedne vjere na drugu i o nošenju Davidove zvijezde, za kojima su uslijedili progoni Židova, Roma i Srba, a u narednim tjednima zabranjeni su vrtići i škole pravoslavne crkve, ukinuto njeno financiranje i zabranjen sam naziv ‘srpska pravoslavna vjera’.
Ustaška propaganda u punom je jeku radila na demonizaciji Židova i Srba, a Stepinac i Katolička crkva nisu ni ‘pokarali’, ni ‘zaprijetili’, niti se oglašavali protiv svega toga. Dapače, ‘Katolički list’ oduševljeno je pozdravljao nove ćudoredne zakone. Uvedena je tako kazna od 30 dana zatvora za ‘ružnu i sramotnu’ naviku psovanja (ono je, inače, Stepinca još od mladosti opsesivno iritiralo, pa je i u tom vremenu masovnih pokolja najsnažnije dizao glas protiv – psovke), zabranjen je rad nedjeljom, zabranjeni su prosjačenje, skitanje i prostitucija, skraćeno je radno vrijeme lokala koji su prodavali alkohol, ograničeno kockanje, uvedena je smrtna kazna za pobačaj. Nacionalna država Hrvata, favoriziranje katolika uz očekivanje velikog broja prelazaka s pravoslavlja, ćudoredne mjere, borba protiv komunističkog bezboštva – sve je to bilo milo Katoličkoj crkvi, koliko god da je nadbiskup bio žalostan što se NDH ostvarila pod dominacijom Njemačke i Italije, kojoj je prepušten znatan dio teritorija.
Stepinac je i prije rata bio žestoki protivnik masonerije i komunizma, koji je smatrao većom opasnošću od nacizma, pa čak i od sukoba između Srba i Hrvata i pravoslavnih i katolika. Ti stavovi potvrdit će se u ratu. Nije bio takav simpatizer ustaštva kakvi su bili drugi u hrvatskoj Crkvi, ni nacizma, čije je rasističke teorije otprije smatrao protivnima vjeri, ali je do kraja bio zagovornik NDH, koju je vidio kao okvir za napredak i očuvanje katoličanstva, a ne kao suštinski zločinačku tvorevinu kakva je zapravo bila. Njegovo javno stajanje uz režim i podrška Paveliću osnaživali su tu tvorevinu i obeshrabrivali otpor. Stepinac je pomogao i u uspostavi odnosa između NDH i Svete Stolice te organizaciji Pavelićevog posjeta papi Piju XII., realiziranog 18. svibnja 1941. godine, iako je već saznao za prva zvjerstva nad Srbima, dopuštajući da se vijesti o njima šire zemljom bez da Crkva podigne svoj utjecajni glas osude. Umjesto toga, on je negodovao tajno i bez ikakvog učinka.
Samo nekoliko dana uoči tog posjeta papi, 14. svibnja, Stepinac je Paveliću pisao zbog pokolja 260 Srba u Glini opominjući ga da katolički moral to ne dozvoljava i tražeći da poduzme hitne mjere da se na teritoriju NDH ‘ne ubije nijedan Srbin, ako mu se ne dokaže krivnja radi koje je zaslužio smrt’. Kada Stepinčevi današnji apologeti ističu njegovo suprotstavljanje ustaškim zločinima, često se uzima taj i nekoliko sličnih primjera protesta, no bili su to dopisi upućeni direktno vrhu režima, za koje javnost nije znala. Na isti je način u travnju uputio dopis Andriji Artukoviću tražeći da se iz rasnih zakona izuzmu oni Židovi koji su prešli na katolicizam, a kada je 22. svibnja određeno da Židovi moraju nositi žutu traku, pisao mu je da takvu odredbu uopće ne bi trebalo provesti, ali je i ovog puta tražio da se izuzmu oni koji su postali katolici. Kada su počele masovne deportacije Židova i Srba u koncentracijske logore, Stepinac je 21. srpnja pisao Paveliću tražeći da se ublaži teška sudbina pogođenih ljudi.
Ocjena da je proces Stepincu bio politički točna je utoliko što je moguće da bi ga izbjegao da je prema novim vlastima pokazao samo dio silnog razumijevanja koje je potrošio na Pavelića. Proces je bio politički i po tome što su i kazna i način njenog izdržavanja bili blagi iz političkih obzira. Komunisti nisu od njega htjeli napraviti mučenika
‘Čujem s više strana, da se tu i tamo nečovječno i okrutno postupa s nearijevcima prigodom deportiranja u sabirne logore, a i u samim tim logorima; što više, da od takva postupka nijesu izuzeta ni djeca, ni starci, ni bolesnici. Znadem, da među tima, koji se deportiraju, imade u novije doba i katolika konvertita, pa mi je to više dužnost, da se za njih zauzmem’, pisao je nadbiskup, tražeći od poglavnika da se deportacije u logore provode ‘na humaniji i obzirniji način’, odnosno da se ljudima ostavi vremena da se spreme, da se otpremanje ne vrši u prenatrpanim vagonima, da se zatočenima daje dovoljna hrana, a bolesnicima njega, da se omogući dostava hrane i lijekova i dopisivanje s obitelji, te da se svećenicima dozvoli pristup u logore kako bi davali zadnju utjehu umirućima.
Takva vrsta zagovora, ograničenih na tajnu komunikaciju s vlastima i usmjerenih prvenstveno na zaštitu onih koji su prešli na katolicizam, karakterizirala je tokom cijelog rata Stepinčev način suprotstavljanja zločinima, koje je tretirao kao zastranjenja od katoličkog morala vrijedna opomene, a ne kao sistemski zločin jedne kriminalne države. Ništa od toga nije bilo vrijedno njegovog otvorenog istupanja i odbacivanja ustaškog režima, pa ti zagovori više pokazuju da je od samog početka bio dobro upoznat i s pokoljima, i s masovnim deportacijama, i s patnjama u logorima smrti. Njihovo postojanje nije dovodio u pitanje ni u tajnim porukama vrhu režima, kojem je u javnosti i dalje pružao podršku. Predvodio je tako posjet hrvatskog episkopata Paveliću 26. lipnja 1941., kada mu je javno obećao iskrenu i lojalnu suradnju, dočekao ga je govorom i primio u crkvi sv. Marka u veljači 1942. godine, ponavljao u više nastupa misao da je NDH ostvarenje sna, do kraja rata služio mise o obljetnici NDH i pjevao Te Deum za poglavnikov rođendan. Čak ni svoje najteže riječi osude, koje se često citiraju, nije izrekao javno nego u pismu Paveliću 24. veljače 1943. godine: ‘Ovo je sramotna ljaga i zločin, koji vapi u nebo za osvetom, kao što je i čitav jasenovački logor sramotna ljaga za Nezavisnu Državu Hrvatsku.’ Reakcija je to bila na pogubljenje sedam slovenskih svećenika u Jasenovcu – opet radi katolika, opet potajna i ograničena na zahtjev za suđenje direktnim počiniteljima – kakva nikada nije bila izrečena u odnosu na tisuće i tisuće onih prethodno ubijenih u tom logoru.
Dugo je trebalo čekati da u javnost izbiju prvi znaci njegova razočaranja. Tek u listopadu 1942. godine, nakon što su najveći pokolji već počinjeni i nakon što je Pavelić počeo ublažavati svoju politiku prema pravoslavcima, Stepinac u jednoj propovijedi počinje, još slabašno, govoriti protiv razlika u rasama i narodima kao izvoru međusobnog uništavanja, ne propuštajući istovremeno odbaciti komunizam, a njegove riječi postaju nešto jače u propovijedi od 14. ožujka 1943., da bi tek koncem te godine jasno kazao da Crkva ne poznaje rase gospodara i rase robova, i razlike pred Bogom između Hrvata, Srba, Židova, Cigana, katolika, muslimana i pravoslavaca. Ti zakašnjeli javni istupi puni samoopravdavanja nisu se propuštali u štampu, kao što su se objavljivali njegovi iskazi podrške režimu, a nisu ni imali onu otvorenu žestinu kojom je primjerice osudio savezničko bombardiranje Zagreba u veljači 1944. godine i kojom će se, nakon oslobođenja, suprotstavljati novim komunističkim vlastima naširoko popisujući i objavljujući sve njihove grijehe. Na sličan se način Stepinac, isprva nezainteresiran i s dugotrajnim oklijevanjem, kako svjedoči dnevnik Diane Budisavljević, tek koncem kolovoza 1942. uključio u spašavanje pravoslavne logorske djece, proširivši na njih aktivnosti Karitasa. Intervenirao je i u nizu pojedinačnih slučajeva progona Srba i Židova, ne samo kada se radilo o ljudima koji su postali katolici, pa ipak, koliko god je znao isticati da Crkva ni pred kim ne osjeća strah, sam zločinački režim nikada nije prozvao i osudio.
Da je Stepinac pisao proteste i intervenirao, oko toga njegovi biografi ne spore, ali oni koji su mu neskloni i oni koji su mu skloni različito odvaguju značaj tih postupaka u odnosu na sve drugo što je činio i što je propustio učiniti. Pritom su mu u pravilu najskloniji isti oni koji su skloni blago, ako uopće, suditi samom Paveliću. Stepinac je 1946. osuđen zbog svoje javne podrške ustaškom režimu i fašističke linije katoličkog tiska i organizacija, zbog pokatoličenja pravoslavaca, zbog prihvaćanja uloge vojnog vikara, zbog djelovanja protiv narodne vlasti krajem rata i zbog toga što je otkriveno da je nakon rata primio nekoliko ustaških emigranata. Sve točke optužnice bile su točne, a ocjena da je to bio politički proces točna je utoliko što je moguće da bi ga izbjegao da je prema novim vlastima pokazao samo dio silnog razumijevanja koje je potrošio na Pavelića. Proces je bio politički i po tome što su i kazna i način njenog izdržavanja bili blagi iz političkih obzira. Komunisti nisu od njega htjeli napraviti mučenika, ali se za to pobrinula Katolička crkva, cijeneći ga po vlastitim kriterijima, takvog kakav je bio, kao jednog od najboljih u svojim redovima.